Die Geschichte spielt im frühen 21. Jahrhundert, in dieser alternativen Welt hat das Tokugawa Shogunat nie an Einfluss verloren und Japan behauptete seine erzwungene Abgeschiedenheit vom Rest der Welt. Vor 20 Jahren übernahm der 25. Sogun den Umhang der Führerschaft, während der Schülerrat jegliche Art von Aufstand unterbindet, an einer gigantischen Akademie für Kinder aus militärischen Familien am Fuße des Fujis. (Viele der Schüler tragen Namen von berühmten Personen aus der Geschichte.)
Die beiden Mädels Sanada Yukimura und Gotō Matabei nerven die Machenschaften des Schülerrats und so kämpfen sie gegen diesen, welcher fast komplett aus weiblichen Mitgliedern besteht, u.a. Tokugawa Sen ("Sen-hime") und Hattori Hanzō. Zwischen den beiden Parteien steht der 16 Jahre alte Schüler namens Yagyū Muneakira und das Mädchen Yagyū Jūbei.
