Zero zwingt Cornelia in die Knie doch dieser Triumph währt nur für kurze Zeit, denn der schlimmste Fall ist für Zero eingetreten! Nanali wurde entführt! Panisch verlässt er das Schlachtfeld um nach ihr zu suchen und das Chaos hält Einlass!
Suzaku, Lelouch, Karin und auch Nanali treffen in einer Höhle aufeinander. Beide, Suzaku und Lelouch, vom Hass zerfressen, erheben ihre Waffen auf den jeweiligen anderen und plötzlich fällt ein Schuss... So und nicht anders endete Code Geass Staffel 1.
Ein Jahr ist ins Land gezogen, seitdem großen Showdown der Schwarzen Ritter und Zero wurde folglich für tot erklärt. Der Kaiser erklärte das Gebiet 11 zu einem Ausbildungsgebiet in Hinblick auf Gehorsam. Gesetze und die Durchführung von Strafen wurden verschärft um rebellische Gedanken ein und für alle Mal im Keim zu ersticken. Viele der Mitglieder des Ordens der Schwarzen Ritter wurden inhaftiert. Lelouch, der sein Gedächtnis an seine Rolle des Zeros verloren hat, lebt momentan ein normales Studentenleben. Doch CC versucht ihn wieder an seine alte Vergangenheit zu erinnern und will das er das, was er begonnen hat, zu ende bringt.
